首先，選定出場角色後（依照不同的任務來決定出擊人數），按下「出擊」，畫面上會依序出現己方的作戰勝利條件、作戰失敗條件，接著出現「Mission Start」的畫面，作戰即開始。但是在達成勝利條件之前，失敗條件就已經達成的話，任務即失敗。

另外，在遊戲開始的選單，可以選擇進行自由戰鬥的模式來進行遊戲（フリーバドル＝Free Battle），可以從其中任選欲進行作戰的地點（可選擇者為遊戲中已去過的地點）及難度。在一般劇情卡關無法進行下去之時，可以試著進行自由戰鬥以接續劇情。